La saison de karting s'est terminée au Royaume des Champignons alors Mario et Peach ont voyagé en Egypte pour passer de belles vacances. Pourtant, comme on peut s'y attendre, Mario se retrouve à nouveau en difficulté lorsqu'il découvre un ancien pistolet géant qui active et tire deux gros projectiles contre notre héros. Son seul moyen de s'échapper est de courir jusqu'à ce qu'il trouve l'objet magique qui détruira les balles géantes. Mais cet objet est bien caché et il y a un long chemin avant de l'atteindre. Mario doit donc échapper à de nombreux pièges, affronter des zombies et des momies et trouver un chemin sûr parmi de nombreux obstacles.